追加報告です。
フロントページ(固定ページ)にWP-OVER-NETWORKのショートコードを記述せず、 トップページコンテンツエリア上部にショートコードを記載したところ、 無事CTAが消えました。他の質問でCTAは本分部分に書き込むとあったので バッティングするとしたらここかと思ったらビンゴでした。
※$wp_query に関わる記載が影響しているようで、引数を敢えて入れたら トップページに出るべきウィジェットが出なくなりました。 今後もこの辺りに注意して起きます。
すみません、今更ですが原因となるプラグインがわかりました。 wp-over-network こちらを利用しなくてもいいようにするか、問題箇所を修正するかで対応予定です。 以上、ご報告まで。